Структурно Рівненська Мала академія наук учнівської молоді розбудована за зразком Малої академії наук України і нараховує 9 відділень, 53 секції.

1. Історико-географічне відділення
2. Відділення технічних наук
3. Відділення комп’ютерних наук
4. Відділення філології та мистецтвознавства
5. Відділення математики
6. Відділення фізики і астрономії
7. Відділення економіки
8. Відділення хімії та біології
9. Відділення екології та аграрних наук